De Bond staat open voor samenwerking met andere kerken en geloofsgemeenschappen.
Dit wordt in het binnenland vorm gegeven via een lidmaatschap van de Raad van Kerken in Nederland, lidmaatschap van het CIO (Interkerkelijk Contact in Overheidszaken), deelname aan het Interkerkelijk Bestuurlijk Overleg inzake SMPR (IBO), via een associatieovereenkomst met de Protestantse Kerk in Nederland, een nauwe samenwerking van het Seminarium met de Protestantse Theologische Universiteit (PThU) en meerdere bilaterale contacten.
De Bond is als het om internationale oecumene gaat lid van de International Federation of Free Evangelical Churches en van de World Communion of Reformed Churches.
Deelorganisaties van de Bond onderhouden op hun terrein contacten met relevante samenwerkingsverbanden.